Οι ιστορικοί υποθέτουν ότι θεμελιώθηκε στα 1294-1296.Ο καθηγητής Αρχιτεκτονικής Ν.Μουτσόπουλος γράφει: "Το καθολικό της Παρηγορήτισσας ίδρυμα του Νικηφόρου Α' Κομνηνού Δούκα, κτίσμα της τελευταίας δεκαετίας του 13ου αιώνα,εμφανίζεται εξωτερικά ως ενα ογκώδες διώροφο ανακτορικό κτίσμα, το οποίο στεγάζεται με πέντε τρούλλους και στο κέντρο της δυτικής πλευράς με ενα τρούλλο κιβώριο. Υπάρχουν έντονες Κωνσταντινουπολίτικες επιδράσεις αλλά και Ιταλικές ιδιαίτερα στην εσωτερική γλυπτική διακόσμηση".
Ενώ κατά τον σπουδαίο ερευνητή Αναστάσιο Ορλάνδο η Παρηγορήτισσα εξωτερικά θυμίζει μέγαρα της πρώιμης ιταλικής αναγέννησης. Επί τουρκοκρατίας η Παρηγορήτισσα ήταν γυναικείο μοναστήρι, ενώ γύρω στα 1530 ο Πατριάρχης Κωνσταντινουπόλεως Ιερεμίας Α' που καταγόταν από τη Ζίτσα Ιωαννίνων, με αποφασή του προσάρτησε τη μονή της Παρηγορήτισσας ως μετόχι στη μονή της Κάτω Παναγιάς. Δεν μετατράπηκε ποτέ σε τζαμί και λειτουργούσε έως και το 1821. Την εποχή αυτή οι Τούρκοι την μετατρέψανε σε προμαχώνα από όπου πολεμούσαν τους επαναστατημένους Έλληνες, κάτι που επαναλήφθηκε και το 1854. Σπάνια φωτογραφία του Ναού, αρχές του 20ου αιώνα.
